La saison suivante, il participe à 37 matchs de championnat, reléguant Damien Grégorini (qui partira en janvier 2007), puis Lionel Letizi sur le banc des remplaçants, devenant ainsi titulaire à seulement 20 ans. Cette année sera celle de la révélation avec un rendement de haut niveau. Très courtisé, il prolonge son contrat d'un an.
À la fin de la saison 2008, des clubs importants comme l'Olympique lyonnais, le Milan AC ou Tottenham s'intéressent à lui. Lloris décide, après mûre réflexion, de rejoindre Lyon et Ederson, son ancien coéquipier à Nice[1]. Le joueur déclare : « La décision s'est imposée à moi progressivement. Lyon a montré une plus grande volonté, une réelle envie de travailler avec moi. C'est un honneur pour moi ».
Hugo Lloris a signé un contrat d'une durée de cinq ans pour une indemnité de transfert de 8.5 millions d'euros en faveur des Rhodaniens. L'OGC Nice aurait également gardé un pourcentage de 15% sur un éventuel futur transfert de Lloris.
Le jeune gardien a donc la lourde charge de prendre la succession de Grégory Coupet, pilier de l'Olympique lyonnais.
Hugo Lloris participa au stage de Tignes, mais ne pu participer au match de l'Olympique lyonnais face à Nîmes à cause d'une blessure à la main après un choc face à son désormais coéquipier, Kim Källström, alors qu'il évoluait encore parmi les Aiglons.
Hugo Lloris joua son premier match en amical face au Rapid Bucarest et encaissa 2 buts
